X3D Model Documentation: Alanine.x3d

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  2  <!DOCTYPE X3D PUBLIC "ISO//Web3D//DTD X3D 4.0//EN" "https://www.web3d.org/specifications/x3d-4.0.dtd">
  3  <X3D profile='Immersive' version='4.0 xmlns:xsd='http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance' xsd:noNamespaceSchemaLocation='https://www.web3d.org/specifications/x3d-4.0.xsd'>
  4       <head>
  5            <meta name='titlecontent='Alanine.x3d'/>
  6            <meta name='descriptioncontent='Autogenerated version of Alanine.x3d scene produced from Alanine.xml Chemical Markup Language (CML) version 1.0 source file.'/>
  7            <meta name='creatorcontent='Nicholas F. Polys'/>
  8            <meta name='translatorcontent='Don Brutzman'/>
  9            <meta name='createdcontent='24 November 2005'/>
 10            <meta name='translatedcontent='6 August 2024'/>
 11            <meta name='modifiedcontent='6 August 2024'/>
 12            <meta name='referencecontent='Alanine.xml'/>
 13            <meta name='referencecontent='CML sources https://www.xml-cml.org'/>
 14            <meta name='referencecontent='Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_Markup_Language'/>
 15            <meta name='referencecontent='JUMBO Chemical Format Conversion Tool'/>
 16            <meta name='referencecontent='https://webbook.nist.gov/chemistry'/>
 17            <meta name='referencecontent='Polys.StylesheetTransformationsInteractiveVisualization.Web3d2003Symposium.pdf'/>
 18            <meta name='referencecontent='Originally Published in Proceedings of Web3D 2003, ACM Press'/>
 19            <meta name='generatorcontent='CmlToX3d.xslt'/>
 20            <meta name='identifiercontent='https://www.web3d.org/x3d/content/examples/Basic/ChemicalMarkupLanguage/Alanine.x3d'/>
 21            <meta name='licensecontent='../license.html'/>
 22       </head>
<!--

<!--
Event Graph ROUTE Table shows event connections.
-->

<!-- to top Index for DEF nodes: alanine_a1, alanine_a2, alanine_a3, alanine_a4, alanine_a5, alanine_a6, alanine_b1, alanine_b2, alanine_b3, alanine_b3_2, alanine_b4, alanine_b5, ato_, ato__mat, atoBr, atoBr_mat, atoC, atoC_mat, atoCl, atoCl_mat, atoF, atoF_mat, atoH, atoH_mat, atoI, atoI_mat, atoN, atoN_mat, atoO, atoO_mat, atoP, atoP_mat, atoS, atoS_mat, atoSi, atoSi_mat, bondo, cmpd_name, cmpd_name1, cmpd_name2, infogroupa

Index for Viewpoint nodes: Viewpoint_1, Viewpoint_2

Index for ProtoDeclare definitions: ano1_text, ano2_text, Bromine, Carbon, Chlorine, Fluorine, Hydrogen, Iodine, line, Nitrogen, Oxygen, Phosphorus, Silicon, Sulphur, title_text, unknown
-->
 23       <Scene>
 24            <ProtoDeclare name='Carbon'>
 25                 <ProtoInterface>
 26                      <field name='positiontype='SFVec3fvalue='0 0 0accessType='inputOutput'/>
 27                      <field name='materialTransparencytype='SFFloatvalue='.6accessType='inputOutput'/>
 28                 </ProtoInterface>
 29                 <ProtoBody>
 30                      <Group>
 31                           <Transform DEF='atoC'>
 32                                <IS>
 33                                     <connect nodeField='translationprotoField='position'/>
 34                                </IS>
 35                                <Shape>
 36                                     <Appearance>
 37                                          <Material DEF='atoC_matdiffuseColor='0 0 0shininess='.8specularColor='.29 .3 .29'>
 38                                               <IS>
 39                                                    <connect nodeField='transparencyprotoField='materialTransparency'/>
 40                                               </IS>
 41                                          </Material>
 42                                     </Appearance>
 43                                     <Sphere radius='.77'/>
 44                                </Shape>
 45                                <Shape>
 46                                     <Appearance>
 47                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
 48                                     </Appearance>
 49                                     <Text string='"C"'>
 50                                          <FontStyle size='.8'/>
 51                                     </Text>
 52                                </Shape>
 53                           </Transform>
 54                      </Group>
 55                 </ProtoBody>
 56            </ProtoDeclare>
 57            <ProtoDeclare name='Hydrogen'>
 58                 <ProtoInterface>
 59                      <field name='positiontype='SFVec3fvalue='0 0 0accessType='inputOutput'/>
 60                      <field name='materialTransparencytype='SFFloatvalue='.6accessType='inputOutput'/>
 61                 </ProtoInterface>
 62                 <ProtoBody>
 63                      <Group>
 64                           <Transform DEF='atoH'>
 65                                <IS>
 66                                     <connect nodeField='translationprotoField='position'/>
 67                                </IS>
 68                                <Shape>
 69                                     <Appearance>
 70                                          <Material DEF='atoH_matambientIntensity='.0933diffuseColor='.38 .38 .42shininess='0.5specularColor='.53 .53 .53'>
 71                                               <IS>
 72                                                    <connect nodeField='transparencyprotoField='materialTransparency'/>
 73                                               </IS>
 74                                          </Material>
 75                                     </Appearance>
 76                                     <Sphere radius='.32'/>
 77                                </Shape>
 78                                <Shape>
 79                                     <Appearance>
 80                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
 81                                     </Appearance>
 82                                     <Text string='"H"'>
 83                                          <FontStyle size='.4'/>
 84                                     </Text>
 85                                </Shape>
 86                           </Transform>
 87                      </Group>
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 90            <ProtoDeclare name='Nitrogen'>
 91                 <ProtoInterface>
 92                      <field name='positiontype='SFVec3fvalue='0 0 0accessType='inputOutput'/>
 93                      <field name='materialTransparencytype='SFFloatvalue='.6accessType='inputOutput'/>
 94                 </ProtoInterface>
 95                 <ProtoBody>
 96                      <Group>
 97                           <Transform DEF='atoN'>
 98                                <IS>
 99                                     <connect nodeField='translationprotoField='position'/>
100                                </IS>
101                                <Shape>
102                                     <Appearance>
103                                          <Material DEF='atoN_matdiffuseColor='0 0 .72emissiveColor='0 0 .13specularColor='.5 .5 .5'>
104                                               <IS>
105                                                    <connect nodeField='transparencyprotoField='materialTransparency'/>
106                                               </IS>
107                                          </Material>
108                                     </Appearance>
109                                     <Sphere radius='.75'/>
110                                </Shape>
111                                <Shape>
112                                     <Appearance>
113                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
114                                     </Appearance>
115                                     <Text string='"N"'>
116                                          <FontStyle size='.8'/>
117                                     </Text>
118                                </Shape>
119                           </Transform>
120                      </Group>
121                 </ProtoBody>
122            </ProtoDeclare>
123            <ProtoDeclare name='Oxygen'>
124                 <ProtoInterface>
125                      <field name='positiontype='SFVec3fvalue='0 0 0accessType='inputOutput'/>
126                      <field name='materialTransparencytype='SFFloatvalue='.6accessType='inputOutput'/>
127                 </ProtoInterface>
128                 <ProtoBody>
129                      <Group>
130                           <Transform DEF='atoO'>
131                                <IS>
132                                     <connect nodeField='translationprotoField='position'/>
133                                </IS>
134                                <Shape>
135                                     <Appearance>
136                                          <Material DEF='atoO_matambientIntensity='.487diffuseColor='.54 .05 .25shininess='.2specularColor='.81 .77 .75'>
137                                               <IS>
138                                                    <connect nodeField='transparencyprotoField='materialTransparency'/>
139                                               </IS>
140                                          </Material>
141                                     </Appearance>
142                                     <Sphere radius='.73'/>
143                                </Shape>
144                                <Shape>
145                                     <Appearance>
146                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
147                                     </Appearance>
148                                     <Text string='"O"'>
149                                          <FontStyle size='.8'/>
150                                     </Text>
151                                </Shape>
152                           </Transform>
153                      </Group>
154                 </ProtoBody>
155            </ProtoDeclare>
156            <ProtoDeclare name='Fluorine'>
157                 <ProtoInterface>
158                      <field name='positiontype='SFVec3fvalue='0 0 0accessType='inputOutput'/>
159                      <field name='materialTransparencytype='SFFloatvalue='.6accessType='inputOutput'/>
160                 </ProtoInterface>
161                 <ProtoBody>
162                      <Group>
163                           <Transform DEF='atoF'>
164                                <IS>
165                                     <connect nodeField='translationprotoField='position'/>
166                                </IS>
167                                <Shape>
168                                     <Appearance>
169                                          <Material DEF='atoF_matdiffuseColor='1 .48 .79emissiveColor='.09 .04 .07'>
170                                               <IS>
171                                                    <connect nodeField='transparencyprotoField='materialTransparency'/>
172                                               </IS>
173                                          </Material>
174                                     </Appearance>
175                                     <Sphere radius='.72'/>
176                                </Shape>
177                                <Shape>
178                                     <Appearance>
179                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
180                                     </Appearance>
181                                     <Text string='"F"'>
182                                          <FontStyle size='.8'/>
183                                     </Text>
184                                </Shape>
185                           </Transform>
186                      </Group>
187                 </ProtoBody>
188            </ProtoDeclare>
189            <ProtoDeclare name='Silicon'>
190                 <ProtoInterface>
191                      <field name='positiontype='SFVec3fvalue='0 0 0accessType='inputOutput'/>
192                      <field name='materialTransparencytype='SFFloatvalue='.6accessType='inputOutput'/>
193                 </ProtoInterface>
194                 <ProtoBody>
195                      <Group>
196                           <Transform DEF='atoSi'>
197                                <IS>
198                                     <connect nodeField='translationprotoField='position'/>
199                                </IS>
200                                <Shape>
201                                     <Appearance>
202                                          <Material DEF='atoSi_matdiffuseColor='.8 .8 .8'>
203                                               <IS>
204                                                    <connect nodeField='transparencyprotoField='materialTransparency'/>
205                                               </IS>
206                                          </Material>
207                                     </Appearance>
208                                     <Sphere radius='1.18'/>
209                                </Shape>
210                                <Shape>
211                                     <Appearance>
212                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
213                                     </Appearance>
214                                     <Text string='"Si"'>
215                                          <FontStyle size='.8'/>
216                                     </Text>
217                                </Shape>
218                           </Transform>
219                      </Group>
220                 </ProtoBody>
221            </ProtoDeclare>
222            <ProtoDeclare name='Phosphorus'>
223                 <ProtoInterface>
224                      <field name='positiontype='SFVec3fvalue='0 0 0accessType='inputOutput'/>
225                      <field name='materialTransparencytype='SFFloatvalue='.6accessType='inputOutput'/>
226                 </ProtoInterface>
227                 <ProtoBody>
228                      <Group>
229                           <Transform DEF='atoP'>
230                                <IS>
231                                     <connect nodeField='translationprotoField='position'/>
232                                </IS>
233                                <Shape>
234                                     <Appearance>
235                                          <Material DEF='atoP_matambientIntensity='.11diffuseColor='.9 .41 0emissiveColor='.1 .04 0shininess='0.8specularColor='.1 .1 .1'>
236                                               <IS>
237                                                    <connect nodeField='transparencyprotoField='materialTransparency'/>
238                                               </IS>
239                                          </Material>
240                                     </Appearance>
241                                     <Sphere radius='1.1'/>
242                                </Shape>
243                                <Shape>
244                                     <Appearance>
245                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
246                                     </Appearance>
247                                     <Text string='"P"'>
248                                          <FontStyle size='.8'/>
249                                     </Text>
250                                </Shape>
251                           </Transform>
252                      </Group>
253                 </ProtoBody>
254            </ProtoDeclare>
255            <ProtoDeclare name='Sulphur'>
256                 <ProtoInterface>
257                      <field name='positiontype='SFVec3fvalue='0 0 0accessType='inputOutput'/>
258                      <field name='materialTransparencytype='SFFloatvalue='.6accessType='inputOutput'/>
259                 </ProtoInterface>
260                 <ProtoBody>
261                      <Group>
262                           <Transform DEF='atoS'>
263                                <IS>
264                                     <connect nodeField='translationprotoField='position'/>
265                                </IS>
266                                <Shape>
267                                     <Appearance>
268                                          <Material DEF='atoS_matambientIntensity='.0467diffuseColor='.25 .39 .25emissiveColor='.05 .08 .05shininess='0.6specularColor='.11 .12 .08'>
269                                               <IS>
270                                                    <connect nodeField='transparencyprotoField='materialTransparency'/>
271                                               </IS>
272                                          </Material>
273                                     </Appearance>
274                                     <Sphere radius='1.3'/>
275                                </Shape>
276                                <Shape>
277                                     <Appearance>
278                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
279                                     </Appearance>
280                                     <Text string='"S"'>
281                                          <FontStyle size='.8'/>
282                                     </Text>
283                                </Shape>
284                           </Transform>
285                      </Group>
286                 </ProtoBody>
287            </ProtoDeclare>
288            <ProtoDeclare name='Chlorine'>
289                 <ProtoInterface>
290                      <field name='positiontype='SFVec3fvalue='0 0 0accessType='inputOutput'/>
291                      <field name='materialTransparencytype='SFFloatvalue='.6accessType='inputOutput'/>
292                 </ProtoInterface>
293                 <ProtoBody>
294                      <Group>
295                           <Transform DEF='atoCl'>
296                                <IS>
297                                     <connect nodeField='translationprotoField='position'/>
298                                </IS>
299                                <Shape>
300                                     <Appearance>
301                                          <Material DEF='atoCl_matdiffuseColor='.28 .7 0emissiveColor='.06 .15 0shininess='0.8specularColor='.5 .5 .5'>
302                                               <IS>
303                                                    <connect nodeField='transparencyprotoField='materialTransparency'/>
304                                               </IS>
305                                          </Material>
306                                     </Appearance>
307                                     <Sphere radius='1.01'/>
308                                </Shape>
309                                <Shape>
310                                     <Appearance>
311                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
312                                     </Appearance>
313                                     <Text string='"Cl"'>
314                                          <FontStyle size='.8'/>
315                                     </Text>
316                                </Shape>
317                           </Transform>
318                      </Group>
319                 </ProtoBody>
320            </ProtoDeclare>
321            <ProtoDeclare name='Bromine'>
322                 <ProtoInterface>
323                      <field name='positiontype='SFVec3fvalue='0 0 0accessType='inputOutput'/>
324                      <field name='materialTransparencytype='SFFloatvalue='.6accessType='inputOutput'/>
325                 </ProtoInterface>
326                 <ProtoBody>
327                      <Group>
328                           <Transform DEF='atoBr'>
329                                <IS>
330                                     <connect nodeField='translationprotoField='position'/>
331                                </IS>
332                                <Shape>
333                                     <Appearance>
334                                          <Material DEF='atoBr_matambientIntensity='.0833diffuseColor='.5 .3 .19emissiveColor='.12 .13 .08shininess='0.17specularColor='.08 .08 .05'>
335                                               <IS>
336                                                    <connect nodeField='transparencyprotoField='materialTransparency'/>
337                                               </IS>
338                                          </Material>
339                                     </Appearance>
340                                     <Sphere radius='1.14'/>
341                                </Shape>
342                                <Shape>
343                                     <Appearance>
344                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
345                                     </Appearance>
346                                     <Text string='"Br"'>
347                                          <FontStyle size='.8'/>
348                                     </Text>
349                                </Shape>
350                           </Transform>
351                      </Group>
352                 </ProtoBody>
353            </ProtoDeclare>
354            <ProtoDeclare name='Iodine'>
355                 <ProtoInterface>
356                      <field name='positiontype='SFVec3fvalue='0 0 0accessType='inputOutput'/>
357                      <field name='materialTransparencytype='SFFloatvalue='.6accessType='inputOutput'/>
358                 </ProtoInterface>
359                 <ProtoBody>
360                      <Group>
361                           <Transform DEF='atoI'>
362                                <IS>
363                                     <connect nodeField='translationprotoField='position'/>
364                                </IS>
365                                <Shape>
366                                     <Appearance>
367                                          <Material DEF='atoI_matdiffuseColor='.56 .37 .74emissiveColor='.15 .1 .2shininess='.09specularColor='.12 .12 .12'>
368                                               <IS>
369                                                    <connect nodeField='transparencyprotoField='materialTransparency'/>
370                                               </IS>
371                                          </Material>
372                                     </Appearance>
373                                     <Sphere radius='1.33'/>
374                                </Shape>
375                                <Shape>
376                                     <Appearance>
377                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
378                                     </Appearance>
379                                     <Text string='"I"'>
380                                          <FontStyle size='.8'/>
381                                     </Text>
382                                </Shape>
383                           </Transform>
384                      </Group>
385                 </ProtoBody>
386            </ProtoDeclare>
387            <ProtoDeclare name='unknown'>
388                 <ProtoInterface>
389                      <field name='positiontype='SFVec3fvalue='0 0 0accessType='inputOutput'/>
390                      <field name='materialTransparencytype='SFFloatvalue='.6accessType='inputOutput'/>
391                 </ProtoInterface>
392                 <ProtoBody>
393                      <Group>
394                           <Transform DEF='ato_'>
395                                <IS>
396                                     <connect nodeField='translationprotoField='position'/>
397                                </IS>
398                                <Shape>
399                                     <Appearance>
400                                          <Material DEF='ato__matdiffuseColor='1 1 1emissiveColor='.15 .1 .2shininess='.09specularColor='.12 .12 .12'>
401                                               <IS>
402                                                    <connect nodeField='transparencyprotoField='materialTransparency'/>
403                                               </IS>
404                                          </Material>
405                                     </Appearance>
406                                     <Sphere radius='1.001'/>
407                                </Shape>
408                                <Shape>
409                                     <Appearance>
410                                          <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
411                                     </Appearance>
412                                     <Text string='"?"'>
413                                          <FontStyle size='.8'/>
414                                     </Text>
415                                </Shape>
416                           </Transform>
417                      </Group>
418                 </ProtoBody>
419            </ProtoDeclare>
420            <ProtoDeclare name='line'>
421                 <ProtoInterface>
422                      <field name='bond_settype='MFVec3fvalue='-1 0 0 1 0 0accessType='inputOutput'/>
423                 </ProtoInterface>
424                 <ProtoBody>
425                      <Group>
426                           <Shape>
427                                <Appearance>
428                                     <Material diffuseColor='1 1 1emissiveColor='1 1 1'/>
429                                </Appearance>
430                                <IndexedLineSet coordIndex='0 1 -1'>
431                                     <Coordinate DEF='bondo'>
432                                          <IS>
433                                               <connect nodeField='pointprotoField='bond_set'/>
434                                          </IS>
435                                     </Coordinate>
436                                </IndexedLineSet>
437                           </Shape>
438                      </Group>
439                 </ProtoBody>
440            </ProtoDeclare>
441            <ProtoDeclare name='title_text'>
442                 <ProtoInterface>
443                      <field name='txttype='MFStringaccessType='inputOutput'/>
444                 </ProtoInterface>
445                 <ProtoBody>
446                      <Transform>
447                           <Group>
448                                <Transform>
449                                     <Shape>
450                                          <Appearance>
451                                               <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
452                                          </Appearance>
453                                          <Text DEF='cmpd_name'>
454                                               <IS>
455                                                    <connect nodeField='stringprotoField='txt'/>
456                                               </IS>
457                                               <FontStyle/>
458                                          </Text>
459                                     </Shape>
460                                </Transform>
461                           </Group>
462                      </Transform>
463                 </ProtoBody>
464            </ProtoDeclare>
465            <ProtoDeclare name='ano1_text'>
466                 <ProtoInterface>
467                      <field name='txttype='MFStringaccessType='inputOutput'/>
468                 </ProtoInterface>
469                 <ProtoBody>
470                      <Transform>
471                           <Group>
472                                <Transform>
473                                     <Shape>
474                                          <Appearance>
475                                               <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
476                                          </Appearance>
477                                          <Text DEF='cmpd_name1'>
478                                               <IS>
479                                                    <connect nodeField='stringprotoField='txt'/>
480                                               </IS>
481                                               <FontStyle size='.8'/>
482                                          </Text>
483                                     </Shape>
484                                </Transform>
485                           </Group>
486                      </Transform>
487                 </ProtoBody>
488            </ProtoDeclare>
489            <ProtoDeclare name='ano2_text'>
490                 <ProtoInterface>
491                      <field name='txttype='MFStringaccessType='inputOutput'/>
492                 </ProtoInterface>
493                 <ProtoBody>
494                      <Transform>
495                           <Group>
496                                <Transform>
497                                     <Shape>
498                                          <Appearance>
499                                               <Material diffuseColor='0.9 0.9 0.9'/>
500                                          </Appearance>
501                                          <Text DEF='cmpd_name2'>
502                                               <IS>
503                                                    <connect nodeField='stringprotoField='txt'/>
504                                               </IS>
505                                               <FontStyle size='.6'/>
506                                          </Text>
507                                     </Shape>
508                                </Transform>
509                           </Group>
510                      </Transform>
511                 </ProtoBody>
512            </ProtoDeclare>
513            <Background groundAngle='1.309 1.570796groundColor='0 0.5 0.7 0 0.4 0.7 0.6 0.5 0.7skyAngle='1.309 1.570796skyColor='0 0.5 0.8 0 0.6 .7 0.6 0.6 0.7'/>
514            <PointLight ambientIntensity='1location='0 0 5radius='30'/>
515            <NavigationInfo type='"EXAMINE" "FLY" "ANY"'/>
516            <Viewpoint description='Inspect Alanineposition='0 2 20'/>
517            <!-- Copyright by the U.S. Sec. Commerce on behalf of U.S.A. All rights reserved. -->
518            <!-- type="3D" <date day="5" month="2" year="2010"/> -->
519            <Transform DEF='infogroupatranslation='-8 2 -4'>
520                 <Transform translation='0 6 0'>
521                      <Viewpoint description='title billboardposition='6 -2 10'/>
522                      <ProtoInstance name='title_text'>
523                           <fieldValue name='txtvalue='"Alanine: C3 H7 N O2"'/>
524                      </ProtoInstance>
525                 </Transform>
526                 <Transform translation='0 5 0'>
527                      <ProtoInstance name='ano1_text'>
528                           <fieldValue name='txtvalue='"molecule weight: 89.09"'/>
529                      </ProtoInstance>
530                 </Transform>
531                 <Transform translation='0 4 0'>
532                      <ProtoInstance name='ano1_text'>
533                           <fieldValue name='txtvalue='"melting point: 264"'/>
534                      </ProtoInstance>
535                 </Transform>
536                 <Transform translation='0 3 0'>
537                      <ProtoInstance name='ano1_text'>
538                           <fieldValue name='txtvalue='"boiling point: 314"'/>
539                      </ProtoInstance>
540                 </Transform>
541                 <Transform translation='0 2 0'>
542                      <ProtoInstance name='ano1_text'>
543                           <fieldValue name='txtvalue='"specific gravity: 1.42"'/>
544                      </ProtoInstance>
545                 </Transform>
546            </Transform>
547            <Group>
548                 <Transform>
549                      <ProtoInstance name='CarbonDEF='alanine_a1'>
550                           <fieldValue name='positionvalue='3.1133 2.7796 1.817'/>
551                      </ProtoInstance>
552                 </Transform>
553                 <Transform>
554                      <ProtoInstance name='CarbonDEF='alanine_a2'>
555                           <fieldValue name='positionvalue='2.0036 2.0206 1.1013'/>
556                      </ProtoInstance>
557                 </Transform>
558                 <Transform>
559                      <ProtoInstance name='CarbonDEF='alanine_a3'>
560                           <fieldValue name='positionvalue='1.964 0.5868 1.6215'/>
561                      </ProtoInstance>
562                 </Transform>
563                 <Transform>
564                      <ProtoInstance name='NitrogenDEF='alanine_a4'>
565                           <fieldValue name='positionvalue='0.7338 2.7669 1.2777'/>
566                      </ProtoInstance>
567                 </Transform>
568                 <Transform>
569                      <ProtoInstance name='OxygenDEF='alanine_a5'>
570                           <fieldValue name='positionvalue='4.1888 3.0708 1.0506'/>
571                      </ProtoInstance>
572                 </Transform>
573                 <Transform>
574                      <ProtoInstance name='OxygenDEF='alanine_a6'>
575                           <fieldValue name='positionvalue='3.171 3.1403 2.9781'/>
576                      </ProtoInstance>
577                 </Transform>
578            </Group>
579            <Group>
580                 <ProtoInstance name='lineDEF='alanine_b1'>
581                      <fieldValue name='bond_setvalue='3.1133 2.7796 1.817 2.0036 2.0206 1.1013'/>
582                 </ProtoInstance>
583                 <ProtoInstance name='lineDEF='alanine_b2'>
584                      <fieldValue name='bond_setvalue='3.1133 2.7796 1.817 4.1888 3.0708 1.0506'/>
585                 </ProtoInstance>
586                 <ProtoInstance name='lineDEF='alanine_b3'>
587                      <fieldValue name='bond_setvalue='3.0933 2.7796 1.817 3.151 3.1403 2.9781'/>
588                 </ProtoInstance>
589                 <ProtoInstance name='lineDEF='alanine_b3_2'>
590                      <fieldValue name='bond_setvalue='3.1333 2.7796 1.817 3.191 3.1403 2.9781'/>
591                 </ProtoInstance>
592                 <ProtoInstance name='lineDEF='alanine_b4'>
593                      <fieldValue name='bond_setvalue='2.0036 2.0206 1.1013 1.964 0.5868 1.6215'/>
594                 </ProtoInstance>
595                 <ProtoInstance name='lineDEF='alanine_b5'>
596                      <fieldValue name='bond_setvalue='2.0036 2.0206 1.1013 0.7338 2.7669 1.2777'/>
597                 </ProtoInstance>
598            </Group>
599       </Scene>
600  </X3D>
<!--

<!--
Event Graph ROUTE Table shows event connections.
-->

<!-- to top Index for DEF nodes: alanine_a1, alanine_a2, alanine_a3, alanine_a4, alanine_a5, alanine_a6, alanine_b1, alanine_b2, alanine_b3, alanine_b3_2, alanine_b4, alanine_b5, ato_, ato__mat, atoBr, atoBr_mat, atoC, atoC_mat, atoCl, atoCl_mat, atoF, atoF_mat, atoH, atoH_mat, atoI, atoI_mat, atoN, atoN_mat, atoO, atoO_mat, atoP, atoP_mat, atoS, atoS_mat, atoSi, atoSi_mat, bondo, cmpd_name, cmpd_name1, cmpd_name2, infogroupa

Index for Viewpoint nodes: Viewpoint_1, Viewpoint_2

Index for ProtoDeclare definitions: ano1_text, ano2_text, Bromine, Carbon, Chlorine, Fluorine, Hydrogen, Iodine, line, Nitrogen, Oxygen, Phosphorus, Silicon, Sulphur, title_text, unknown
-->
X3D Tooltips element index: Appearance, Background, connect, Coordinate, field, fieldValue, FontStyle, Group, head, IndexedLineSet, IS, Material, meta, NavigationInfo, PointLight, ProtoBody, ProtoDeclare, ProtoInstance, ProtoInterface, Scene, Shape, Sphere, Text, Transform, Viewpoint, X3D, accessType and type, XML data types, field types

Event Graph ROUTE Table with 0 ROUTE connections total, showing X3D event-model relationships for this scene.

Each row shows an event cascade that may occur during a single timestamp interval between frame renderings, as part of the X3D execution model.


ProtoInstance
title_text
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 


ProtoInstance
ano1_text
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 


ProtoInstance
ano1_text
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 


ProtoInstance
ano1_text
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 


ProtoInstance
ano1_text
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

alanine_a1
ProtoInstance
Carbon
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

alanine_a2
ProtoInstance
Carbon
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

alanine_a3
ProtoInstance
Carbon
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

alanine_a4
ProtoInstance
Nitrogen
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

alanine_a5
ProtoInstance
Oxygen
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

alanine_a6
ProtoInstance
Oxygen
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

alanine_b1
ProtoInstance
line
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

alanine_b2
ProtoInstance
line
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

alanine_b3
ProtoInstance
line
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

alanine_b3_2
ProtoInstance
line
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

alanine_b4
ProtoInstance
line
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 

alanine_b5
ProtoInstance
line
No ROUTE connection found for output events from this node.
This ProtoInstance contains SFNode/MFNode fieldValue declarations with
direct access to other nodes, and thus has potential to produce run-time animation. 
Additional guidance on X3D animation can be found in the 10-Step Animation Design Process and Event Tracing hint sheets. Have fun with X3D! 😀

-->
<!-- Online at
https://www.web3d.org/x3d/content/examples/Basic/ChemicalMarkupLanguage/AlanineIndex.html -->
<!-- Version control at
https://sourceforge.net/p/x3d/code/HEAD/tree/www.web3d.org/x3d/content/examples/Basic/ChemicalMarkupLanguage/Alanine.x3d -->

<!-- Color legend: X3D terminology <X3dNode DEF='idName' field='value'/> matches XML terminology <XmlElement DEF='idName' attribute='value'/>
(Light-blue background: event-based behavior node or statement) (Grey background inside box: inserted documentation) (Magenta background: X3D Extensibility)
    <ProtoInstance name='ProtoName'> <field name='fieldName'/> </ProtoInstance> -->

to top <!-- For additional help information about X3D scenes, please see X3D Tooltips, X3D Resources, and X3D Scene Authoring Hints. -->